Az állatok gyógyításában is szerepet játszhat a hőkamera alkalmazása. Itt is szem előtt kell tartani, hogy az elkészült hőképeket állatorvossal együtt kell kiértékelni, mert Ő ismeri az állatokat és a rájuk jellemző betegségeket.
A hőkamera a hozzá legközelebb eső felület hőmérsékletét méri, ezért állatok esetében nagy körültekintéssel kell eljárni, mivel a legtöbb állatra jellemző, hogy valamilyen hőszigetelő réteget viselnek a bőrük felett. Jellemzően nagyobb testű és rövidebb szőrű állatok esetében lehet jól használni a hőkamerát. Háziállatok esetében az a jellemző, hogy az orvos testközelből megvizsgálja, és eldönti a betegség mibenlétét.
Ha egy tollas jószágot veszünk alapul, legfeljebb az látszik a képen, hogy a testét hol nem fedi toll - de ehhez nem kell hőkamera. Egy egészséges, hosszú szőrű állat esetében ugyanez mondható el. A rövidebb szőrű állatok esetében viszont bizonyos betegségek megállapíthatók hőkamerával is. Ezek azok, amelyek jellemzően valamilyen gyulladással járnak együtt a bőr alatti területeken. Ilyenkor a jobban felmelegedett gyulladt részek felmelegítik a bőrt és a vékony szőrt, és ez felfedezhető a hőképeken is.
Állatkertekben, vagy a szabadban viszont nagyon jól használható az állatok megfigyelésére, esetleg egyes lázzal együtt járó betegségek felfedezésére. Persze ehhez ismerni kell az adott állatra jellemző egészséges testhőmérsékletet is.